Lasy na terenie gminy Czernikowo zajmują 43 % powierzchni gminy. Lasy te znajdują się w granicach terytorialnego zasięgu Nadleśnictwa Dobrzejewice, wchodzącego w skład Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Toruniu.
Rozmieszczenie powierzchni leśnych jest nierównomierne. Największe kompleksy leśne występują w obrębie Kotliny Toruńskiej.

Głównym składnikiem drzewostanu jest sosna zwyczajna. Poza sosną występują najczęściej: dąb szypułkowy olsza czarna, brzoza brodawkowata, jesion wyniosły a ponadto: wiąz, lipa, klon, osika oraz gatunki sztucznie wprowadzone przez człowieka np. świerk i modrzew europejski. Sosna tworzy wielopostaciowe bory, silnie zróżnicowane w zależności od charakteru siedliska i zabiegów hodowlanych człowieka. Zajmują one największy procent powierzchni leśnej gminy.
Wyróżnia się:

bory świeże, w których drzewostan tworzy głównie sosna. W podszyciu występuje głównie bez czarny i czeremcha

bory mieszane świeże: wykształciły sie na siedliskach zasobniejszych, niż bory świeże. W skład drzewostanu wchodzi najczęściej sosna zwyczajna i dąb szypułkowy z niewielką domieszką brzozy brodawkowatej i modrzewia. Podszycie składa się głównie z podrostu drzew liściastych m.in. dębu i jarzębiny. Poza tym można spotkać malinę, jeżynę, w runie borówkę i wiele innych roślin charakterystycznych dla lasów liściastych.

bory mieszane wilgotne:drzewostan tworzy sosna, brzoza, olsza czarna i niekiedy dąb.
Bor wilgotny zajmuje tereny na bagnach i torfowiskach. Występuje rzadko i zajmuje niewielką powierzchnię. Obok sosny jest w nim brzoza omszona, w poszyciu brzoza i jarzebina. W runie charakterystyczna jest borówka bagienna. Pod runem rosną mchy torfowce.

Znacznie zasobniejsze siedliska, niż zbiorowiska borów, zajmuja lasy liściaste. Podobnie jak bory są zróżnicowane w zależności od charakteru siedliska.
Są to:

lasy świeże: dominuje dąb, niekiedy towarzyszy im jesion, jawor, buk, wiąż, lipa akacja. W poszyciu występuje bez czarny i porosty drzew liściastych.

lasy mieszane świeże: zajmują ok. 15 % powierzchni wszystkich lasów. W drzewostanie główne gatunki to dąb i sosna. Prócz tego spotyka się także brzozę, olszę a niekiedy świerk i modrzew. W poszyciu pojawia się głównie brzoza, bez czarny, kruszyna.

lasy wilgotne: wykształciły się na glebach murszowych. Dominuje w nich olsza czarna, dąb, jesion.

lasy mieszane wilgotne: występują tu w sąsiedztwie lasów mieszanych świeżych. Drzewostan tworzy osika, olsza, brzoza a miejscami dąb i sosna.

Olsy: zajmują tereny na glebach torfowych. W drzewostanach przeważa olsza, obok niej brzoza omszona i dąb. W bujnym poszyciu największy udział ma kruszyna.

Pod względem struktury wiekowej na terenie gminy Czernikowo przeważają drzewostany młode.


Z punktu widzenia przydatności terenów leśnych dla potrzeb turystyki i wypoczynku wydzielić można 4 kategorie odzwierciedlajace zarówno wiek drzewostanów jak również typ siedliskowy. Są to:

Kategoria I: tereny bardzo przydatne i atrakcyjne dla turystyki: lasy na siedlisku boru mieszanego świezego, lasu mieszanego świeżego, lasu świeżego powyżej 80 lat

Kategoria II: tereny przydatne dla turystyki: lasy na siedklisku boru mieszanego, lasu mieszanego świeżego, lasu świeżego w wieku 61 lat oraz boru mieszanego wilgotnego w wieku powyżej 80 lat

Kategoria III: tereny mało przydatne dla turystyki: lasy na siedlisku boru mieszanego świeżego, lasu świeżego, lasu mieszanego świeżego w wilu 40 -60 lat oraz lasu mieszanego wilgotnego i boru suchego w wieku drzewostanu powyżej 80 lat oraz boru mieszanego wilgotnego w wieku 61- 80 lat

Kategoria IV: tereny nieprzydatne dla turystyki: lasy na siedlisku boru świeżego świeżego, lasu mieszanego świeżego oraqz lasu świeżego w wieku poniżej 40 lat, lasu wilgotnego w wieku poniżj 80 lat oraz lasów na siedliskach boru bagiennego, boru wilgotnego i olesu niezależnie od wieku drzewostanu.

Na terenie gminy przeważają lasy należące do II i III kategorii przydatności dla turystyki. W południowej i południowo- zachodniej części gminy lasy położone w obrębie Dąbrówki, Wieprzeńca, Pokrzywna i Witowęża prawie w całości są uznane jako lasy ochronne dla ośrodka gminnego Czernikowo. W obrębie Czernikowo- Góry i Czernikowo- Wały, wydzielone są także lasy glebochronne i wodochronne. Lasy masowego wypoczynku i turystyki występują zarówno w południowej części gminy, jak i w otoczeniu jeziora Zacisze. Lasy te należą do kategorii lasów ochronnych.

Ze względu na rolniczy charakter gminy bardzo dużą powierzchnię zajmują również łąki i pastwiska. Wzdłuż dróg lokalnych, licznych dróg polnych oraz ciekówi stnieją zadrzewienia oraz zalesienia. Są to ciągi szpalerowe drzew, kępy drzew i krzewów. Mają one duże znaczenia dla środowiska, gdyż stanowią jednyną wysoką zieleń wśród pól i łąk, regulują stosunki wodne na polach i łąkach oraz odgrywają duże znaczenie wiatrochronne dla niezalesionych terenów uprawowych. Należy je chronić przed degradacją.
Do terenów zielonych należą sady i ogrody, których występowanie związane jest częściowo z funkcjonującymi przetwórniami owocowo- warzywnymi w Lipnie i Toruniu.
Duże powierzchnie terenu zajmuje roślinność pospolita i gatunki kserotermiczne. Na silnie nasłonecznionych, odlesionych zboczach krawędzi erozyjnej Wisły tworzy kwieciste, ziołoroślowe murawy. Charakteryzuje je dużu udział traw oraz innych roślin. Głównie w zbiorowisku tym występują krzewy dzikiej róży, jeżyny, derenia sidwy, głogów. Krzewy te rzadko rozrzucone na zboczach podnoszą walory krajobrazowe i estetyczne muraw kserotermicznych.Poza niewątpliwymi walorami przyrodniczymi murawy kserotermiczne są siedliskiem wielu gatunków roślin leczniczych, co dodatkowo podnosi ich wartość.
Na szczegółna uwagę zasługują tereny zieleni urządzonej. Jej powstanie związane jest z dążeniem społeczności lokalnej do poprawienia naruszonej równowagi biologicznej w środowisku. Należą do nich parki wiejskie, zieleń towarzysząca budownictwu mieszkalnemu, ogródki działkowe, zieleń cmentarzy a także zieleń przy obiektach sportowych.